Јединица је организована у складу са европским стандардима специјалних јединица полиције, тако да њена структура и бројно стање омогућавају квалитетну обуку и високу оперативност у извршавању намјенских задатака.
Сви који имају жељу да постану припадници Специјалне антитерористичке јединице морају проћи ригорозну и тешку селективну обуку. Конкурс за пријем нових кандидата зависи од потреба јединице и упражњених радних мјеста. Обука припадника заснована je на искуствима домаћих и страних специјалних јединица и усклaђена je са општеприхваћеним свјетским стандардима и трендовима. Циљ обуке Специјалне антитерористичке јединице je да у складу са строго намјенским потребама, стручно обучи, увјежба и психо-физички припреми све припаднике Јединице за успјешно извршење најсложенијих задатака у свим ситуацијама и у сваком моменту.
Од свог оснивања na све до сада Специјална антитерористичка јединица се непрестано развијала и модернизовала, тако да су за њен настанак и развој карактеристичне три етапе:
о Прва етапа (период од 1992. до 1995. године);
о Друга етапа (период од 1995. до 2001. године);
о Трећа етапа (период од 2001. године до данас).
Избијањем ратних сукоба у Босни и Херцеговини долази до подјеле припадника МУП-а БиХ no националној основи, тако да се 04.04.1992. године и Јединица милиције за специјална дејства дјели, a у другој половини 1992. године долази до формирања Специјалне бригаде милиције. У периоду ратних сукоба, од 1992. до краја 1994. године формирано je девет одреда са Командом бригаде која je била стационирана у Јањи. Формацијска структура састојала се од: Команде, I - одред Пале; II - одред Шековићи; III - одред Требиње; IV -одред Бијељина; V - одред Добој; VI - одред Бања Лука; VII - одред Приједор; VIII - одред Илиџа и IX - одред Фоча. Специјална бригада полиције у ратном периоду бројала je око 1.500 припадника, од чега су 144 припадника дали своје животе за Републику Српску и око 400 припадника je теже и лакше рањено. За ратне заслуге јединица je више пута одликована орденом Петра Мркоњића, Немањића, Његоша I Првог реда и орденом Заслуга за народ, a један број припадника одликован je орденом Милоша Обилића, Милана Тепића и другим признањима.
У периоду од 1995. до 2001. године дошло je до цјелокупне трансформације Бригаде под детаљним надзором међународних организација, при чему je примарну улогу имао ИПТФ. Потписивањем Дејтонског мировног споразума, који je предвидио Анексом 1Б расформирање специјалних формација и повлачење у базе/касарне, јединица мијења назив у Бригада полиције за антитерористичка дејства. Анексом 11. Дејтонског мировног споразума припадници пролазе обуку под контролом Међународне полиције ИПТФ. Реорганизацијом 1998. године Јединица добија назив Служба специјализоване полиције са командом у Јањи, надомак Бијељине, расформирани су одреди у Приједору и Илиџи, a одреди Требиње и Фоча су интегрисани са базом на Тјентишту. Преостали одреди трансформисани су у специјализоване тимове. Реорганозацијом 1999/2000. године команда Службе специјализоване полиције je дислоцирана из Јање у Бања Луку. Расформирани су одреди осим одреда у Јањи и Бањој Луци. Специјализовани тим лоциран je у Бањој Луци и трансформисан у Антитерористички тим.
Године 2001. расформиран je одред Јања, a у бази Раковачке баре, надомак Бања Луке Служба специјализоване полиције наставља рад, у чијем саставу се налазио Анитерористички тим, Специјализовани тим и Механизовани тим. Године 2004. добија назив Специјална јединица полиције. Дана 08.08.2016. године ступањем на снагу Правилника о унутрашњој организацији и систематизацији радних мјеста у Министарству унутрашњих послова Републике Српске, Јединица добија назив Специјална антитерористичка јединица.
Од оснивања Специјалне бригаде милиције 1992. године до данас дужност команданта јединице обављали су: 1. Миленко Каришик (1992-1993); 2. Горан Сарић (1993-1997); 3. Душко Јевић (1997-1999); 4. Драган Лукач (1999-2004); 5. Ранко Вуковић (2004-2006); 6. Предраг Крајновић (2006-2015); 7. Драган Рибић (2015 -2018); 8. Горан Балабан (2018-).