Jedinica je organizovana u skladu sa evropskim standardima specijalnih jedinica policije, tako da njena struktura i brojno stanje omogućavaju kvalitetnu obuku i visoku operativnost u izvršavanju namjenskih zadataka.
Svi koji imaju želju da postanu pripadnici Specijalne antiterorističke jedinice moraju proći rigoroznu i tešku selektivnu obuku. Konkurs za prijem novih kandidata zavisi od potreba jedinice i upražnjenih radnih mjesta. Obuka pripadnika zasnovana je na iskustvima domaćih i stranih specijalnih jedinica i usklađena je sa opšteprihvaćenim svjetskim standardima i trendovima. Cilj obuke Specijalne antiterorističke jedinice je da u skladu sa strogo namjenskim potrebama, stručno obuči, uvježba i psiho-fizički pripremi sve pripadnike Jedinice za uspješno izvršenje najsloženijih zadataka u svim situacijama i u svakom momentu.
Od svog osnivanja na sve do sada Specijalna antiteroristička jedinica se neprestano razvijala i modernizovala, tako da su za njen nastanak i razvoj karakteristične tri etape:
o Prva etapa (period od 1992. do 1995. godine);
o Druga etapa (period od 1995. do 2001. godine);
o Treća etapa (period od 2001. godine do danas).
Izbijanjem ratnih sukoba u Bosni i Hercegovini dolazi do podjele pripadnika MUP-a BiH no nacionalnoj osnovi, tako da se 04.04.1992. godine i Jedinica milicije za specijalna dejstva djeli, a u drugoj polovini 1992. godine dolazi do formiranja Specijalne brigade milicije. U periodu ratnih sukoba, od 1992. do kraja 1994. godine formirano je devet odreda sa Komandom brigade koja je bila stacionirana u Janji. Formacijska struktura sastojala se od: Komande, I - odred Pale; II - odred Šekovići; III - odred Trebinje; IV -odred Bijeljina; V - odred Doboj; VI - odred Banja Luka; VII - odred Prijedor; VIII - odred Ilidža i IX - odred Foča. Specijalna brigada policije u ratnom periodu brojala je oko 1.500 pripadnika, od čega su 144 pripadnika dali svoje živote za Republiku Srpsku i oko 400 pripadnika je teže i lakše ranjeno. Za ratne zasluge jedinica je više puta odlikovana ordenom Petra Mrkonjića, Nemanjića, Njegoša I Prvog reda i ordenom Zasluga za narod, a jedan broj pripadnika odlikovan je ordenom Miloša Obilića, Milana Tepića i drugim priznanjima.
U periodu od 1995. do 2001. godine došlo je do cjelokupne transformacije Brigade pod detaljnim nadzorom međunarodnih organizacija, pri čemu je primarnu ulogu imao IPTF. Potpisivanjem Dejtonskog mirovnog sporazuma, koji je predvidio Aneksom 1B rasformiranje specijalnih formacija i povlačenje u baze/kasarne, jedinica mijenja naziv u Brigada policije za antiteroristička dejstva. Aneksom 11. Dejtonskog mirovnog sporazuma pripadnici prolaze obuku pod kontrolom Međunarodne policije IPTF. Reorganizacijom 1998. godine Jedinica dobija naziv Služba specijalizovane policije sa komandom u Janji, nadomak Bijeljine, rasformirani su odredi u Prijedoru i Ilidži, a odredi Trebinje i Foča su integrisani sa bazom na Tjentištu. Preostali odredi transformisani su u specijalizovane timove. Reorganozacijom 1999/2000. godine komanda Službe specijalizovane policije je dislocirana iz Janje u Banja Luku. Rasformirani su odredi osim odreda u Janji i Banjoj Luci. Specijalizovani tim lociran je u Banjoj Luci i transformisan u Antiteroristički tim.
Godine 2001. rasformiran je odred Janja, a u bazi Rakovačke bare, nadomak Banja Luke Služba specijalizovane policije nastavlja rad, u čijem sastavu se nalazio Aniteroristički tim, Specijalizovani tim i Mehanizovani tim. Godine 2004. dobija naziv Specijalna jedinica policije. Dana 08.08.2016. godine stupanjem na snagu Pravilnika o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta u Ministarstvu unutrašnjih poslova Republike Srpske, Jedinica dobija naziv Specijalna antiteroristička jedinica.
Od osnivanja Specijalne brigade milicije 1992. godine do danas dužnost komandanta jedinice obavljali su: 1. Milenko Karišik (1992-1993); 2. Goran Sarić (1993-1997); 3. Duško Jević (1997-1999); 4. Dragan Lukač (1999-2004); 5. Ranko Vuković (2004-2006); 6. Predrag Krajnović (2006-2015); 7. Dragan Ribić (2015 -2018); 8. Goran Balaban (2018-).